John Blackthorne, un piloto inglés, que sirve en el buque de guerra holandés Erasmus, es el primer Inglés en llegar a Japón. Inglaterra (y Holanda) buscan interrumpir las relaciones católico-portuguesas con Japón y establecer lazos propios a través del comercio y las alianzas militares.
Erasmus es llevado a tierra en la costa japonesa en el pueblo de Anjiro durante una tormenta. Blackthorne y 10 sobrevivientes son tomados cautivos por samurai locales, kasigi Omi, hasta que su daimyō y su tío, Kasigi Yabu, llegan., Yabu pone a Blackthorne y su tripulación a juicio como piratas, usando a un sacerdote jesuita para interpretar a Blackthorne. Perdiendo el juicio, Blackthorne ataca al jesuita y rompe su crucifijo para mostrar que el sacerdote es su enemigo. Los japoneses, que solo conocen la versión Católica del cristianismo, se sorprenden y Yabu los condena a todos a muerte.
Sin embargo, Omi, que se está demostrando rápidamente como un asesor inteligente, convence a Yabu de ahorrarles para aprender más sobre las formas europeas., Omi lanza a la tripulación a un pozo para «domarlos» y les dice que Yabu ha ordenado que elijan a uno de ellos (que no sea Blackthorne) para morir, para que los demás puedan vivir. Blackthorne lidera a su tripulación en una resistencia inútil, pero uno de ellos es capturado y hervido vivo, para satisfacer a Yabu.
Blackthorne entonces acepta someterse a la Autoridad japonesa y es colocado en un hogar, con su tripulación todavía retenida como rehenes., Por consejo de Omi, Yabu también planea confiscar los rutters, mosquetes, cañones y monedas de plata recuperadas de Erasmo, pero la noticia llega a Toranaga, Señor de los Kwanto y presidente del Consejo de Regentes. Toranaga envía a su comandante en jefe, el General Toda «Puño de hierro» Hiro-matsu, para tomar Erasmus, su carga y tripulación para obtener una ventaja contra el principal rival de Toranaga en el Consejo, Ishido.
A Blackthorne se le da el nombre de Anjin (navegante o piloto) porque los japoneses no pueden pronunciar su nombre., Hiro-matsu lleva a Blackthorne y Yabu de vuelta a Osaka, donde la reunión del Consejo se lleva a cabo en el castillo, que es la fortaleza de Ishido. Viajan por una de las galeras de Toranaga, capitaneada por el piloto portugués Rodrigues. Blackthorne y Rodrigues se encuentran en una amistad a regañadientes, a pesar de su enemistad nacional y religiosa. Rodrigues intenta matar a Blackthorne durante una tormenta, pero es arrastrado por la borda. Blackthorne no solo salva Rodrigues, sino que también navega con seguridad en el barco.,
en Osaka, Blackthorne es entrevistado por Toranaga a través de la traducción del sacerdote jesuita mayor Martin Alvito, quien se da cuenta de la amenaza que Blackthorne presenta. Como protestante, Blackthorne intenta poner a Toranaga en contra de los Jesuitas. Él revela a un Toranaga sorprendido que la fe cristiana está dividida. Alvito está obligado a traducir mientras Blackthorne le cuenta a Toranaga su historia. La entrevista termina abruptamente cuando Ishido entra, curioso por el Bárbaro Blackthorne.
Toranaga tiene a Blackthorne en prisión como una artimaña para mantenerlo alejado de Ishido., Blackthorne se hace amigo de un fraile franciscano, que revela más detalles sobre las conquistas jesuitas y el barco negro portugués, que cada año lleva las enormes ganancias del comercio de Seda entre China y Japón a Europa. Se le enseña un poco de japonés básico y un poco sobre su cultura. Blackthorne es sacado de prisión por los hombres de Ishido, pero Toranaga interviene, capturando a Blackthorne de su rival y haciendo que Ishido pierda la cara.
en su próxima entrevista, Toranaga tiene la Lady toda Mariko traducir., Ella es una Católica, dividida entre su nueva fe y su lealtad, como samurai, a Toranaga. Durante esta segunda entrevista con Blackthorne, Toranaga se muestra incrédula cuando Blackthorne revela que a Portugal se le ha concedido el derecho de reclamar a Japón como territorio por el Papa, y cómo los españoles y portugueses están explotando el nuevo mundo tanto en América del Sur como en Asia en nombre de la propagación del catolicismo.,
durante su estancia con Toranaga en el Castillo de Osaka, Blackthorne es atacado por un asesino que se revela como un miembro de la secreta Amida Tong, un grupo de operativos que entrenan toda su vida para ser el arma perfecta para una muerte. Después de que el asesino es enviado, Toranaga convoca a Yabu al día siguiente para ser interrogado, ya que Hiro-matsu dice que Yabu sería uno que sabría cómo contratarlos. Yabu es evasivo en sus respuestas, añadiendo más combustible a la desconfianza de Toranaga hacia él., También se insinúa que los Jesuitas pueden haber contratado al asesino para matar a Blackthorne, para evitar que revele más de lo que sabe.
las negociaciones del Consejo de Regentes van mal y Toranaga se ve amenazada con seppuku forzado. Para escapar del veredicto, y paralizar el consejo (ya que se necesitan cinco regentes para cualquier decisión, y un nuevo nombramiento parece políticamente improbable), Toranaga renuncia. Sale del castillo disfrazado de su consorte en una camada, saliendo con un tren de viajeros., Blackthorne inadvertidamente ve el intercambio y, cuando Ishido aparece en la puerta del castillo y casi descubre a Toranaga, Blackthorne lo salva creando una distracción. De esta manera, poco a poco gana la confianza de Toranaga y entra en su servicio. El grupo de Toranaga llega a la costa, pero su barco es bloqueado por los barcos de Ishido. A sugerencia de Blackthorne, se le pide a un barco portugués cercano que preste cañones para volar los barcos, pero, a cambio, los Jesuitas solo ofrecerán ayuda a cambio de Blackthorne. Toranaga está de acuerdo y el barco despeja la costa., El piloto portugués, Rodrigues, paga su deuda con Blackthorne al tirarlo por la borda para nadar de regreso al barco de Toranaga. El barco de Toranaga escapa permaneciendo junto al barco portugués mientras ambos pasan a través de la brecha que queda entre los barcos opuestos. Toranaga y su grupo regresan a su barco, que luego regresa a Anjiro.
Blackthorne desarrolla lentamente sus habilidades en el idioma japonés y gana una comprensión de los japoneses y su cultura, finalmente aprendiendo a respetarla., Los japoneses, a su vez, están desgarrados por la presencia de Blackthorne (ya que es un forastero y un líder de una chusma vergonzosamente sucia y grosera), pero también un marinero formidable y navegante con un amplio conocimiento del mundo. Como tal, está por debajo del desprecio e incalculablemente valioso. Un punto de inflexión es el intento de seppuku de Blackthorne. Los japoneses evitan este intento (ya que Blackthorne vale más vivo), pero también llegan a respetarlo por sus conocimientos e intentos de asimilarse a su cultura., Cuando también rescata a Toranaga en un terremoto, se le concede el estatus de samurai y hatamoto – un vasallo de alto estatus similar a un retenedor, con el derecho de audiencia directa. A medida que pasan más tiempo juntos, Blackthorne llega a admirar profundamente a Toranaga y (específicamente) Mariko, y secretamente se convierten en amantes.
finalmente, visita a los sobrevivientes de su tripulación original en Yedo, y se sorprende de lo lejos que se ha aventurado de la forma de vida estándar ‘europea’ (que ahora ve que es sucia, vulgar e ignorante), y en realidad está disgustado por ellos., Los planes de Blackthorne para atacar el «barco negro» también se complican por su respeto y amistad hacia su colega Portugués, Rodrigues, que ahora pilotará el barco. Regresa a Osaka por mar con su tripulación y con 200 samuráis (Otorgados por Toranaga). Paralelamente a esta trama, la novela también detalla la intensa lucha de poder entre los diversos señores de la guerra, Toranaga e Ishido, y también-como subtexto – las maniobras políticas de las potencias protestantes y católicas en el Lejano Oriente., También hay un conflicto interno entre los daimyōs cristianos (que están motivados en parte por el deseo de preservar y expandir su (nueva) religión) y los daimyōs que se oponen a los cristianos, como seguidores de creencias extranjeras y representantes de la influencia cultural y fiscal «Bárbara» en su sociedad.
en la novela, Ishido tiene a muchos miembros de la familia de los otros daimyō como rehenes en Osaka, refiriéndose a ellos como «invitados». Mientras tenga a estos rehenes, los otros daimyōs, incluido Toranaga, no se atreven a atacarlo., Imprevisto por Toranaga, también se ha elegido un regente sustituto. Ishido espera atraer o forzar a Toranaga al castillo y, cuando todos los regentes estén presentes, obtener de ellos una orden para que Toranaga cometa seppuku. Para sacar a Toranaga de esta situación, Mariko va a lo que será su probable muerte en el Castillo de Osaka, para enfrentar a Ishido y obtener la liberación de los rehenes.
en el castillo, Mariko desafía a Ishido y lo obliga a deshonrarse a sí mismo (admitiendo tener a las familias Samurai como rehenes) o a retroceder y dejarlos irse., Cuando Mariko intenta cumplir las órdenes de Toranaga y abandonar el castillo, se produce una batalla entre el samurai de Ishido y su escolta, hasta que se ve obligada a regresar. Sin embargo, ella afirma que es deshonrada y se suicidará. Cuando ella está a punto de hacerlo, Ishido le da los papeles para salir del castillo al día siguiente. Pero esa noche, un grupo de ninja que Ishido ha contratado, ayudado por Yabu, se desliza en la sección del Castillo de Toranaga para secuestrar a Mariko. Sin embargo, ella y Blackthorne y las otras damas de la «corte» de Toranaga, escapan a una habitación cerrada con llave., Mientras el ninja se prepara para volar la puerta abierta, Mariko se encuentra contra la puerta y es asesinada por la explosión.
después de su cremación, Ishido deja que los rehenes abandonen el castillo, reduciendo seriamente su control sobre ellos. Blackthorne entonces descubre que su barco ha sido quemado, arruinando sus posibilidades de atacar el barco negro y ganar riquezas y también navegando a casa a Inglaterra. Sin embargo, Mariko le ha dejado algo de dinero y Toranaga le proporciona hombres para comenzar a construir un nuevo barco., Toranaga le ordena a Yabu – quien se entera de que había ayudado al ataque en Osaka con el objetivo de estar en el bando ganador – cometer seppuku por su traición. Yabu cumple, dando su preciada katana a Blackthorne.
El último capítulo involucra a Toranaga cuando revela su monólogo interno: que él mismo había ordenado que la nave de Blackthorne fuera quemada, como una forma de aplacar a los daimyō Cristianos, y para salvar la vida de Blackthorne de ellos, así como para traerlos a su lado contra Ishido. Luego alienta a Blackthorne a construir otra nave., Es el karma de Blackthorne nunca dejar Japón; y el karma de Mariko morir por su Señor, y por Toranaga convertirse eventualmente en shogun, con poder absoluto. En un breve epílogo después de la batalla final de Sekigahara, Ishido es capturado vivo y Toranaga lo tiene enterrado hasta el cuello. La novela afirma que «Ishido duró tres días y murió muy viejo».
