Co-conducător al Egiptului, interior turmoilEdit
Elenistică bustul lui Ptolemeu al XII-lea, tatăl lui Ptolemeu XIII; Luvru, Paris
Roman bustul Cleopatra a VII-a, sora-soția lui Ptolemeu XIII; Muzeul Altes, Antikensammlung Berlin
Fiul lui Ptolemeu XII (r. 80-58 Î. hr. și 55-51 Î. hr.), el a succedat tatălui său ca faraon în primăvara anului 51 Î. hr. în calitate de co-conducător al lui Ptolemeu Britanie prin căsătoria sa cu sora lui mai mare, Cleopatra (r. 51-30 Î. hr.)., În octombrie 50 î. HR., Ptolemeu al XIII-lea a fost promovat conducător senior împreună cu ea, deși eunucul Pothinus a acționat ca regent pentru el.în primăvara anului 48 î.HR., Ptolemeu al XIII-lea și Pothinus au încercat să o detroneze pe Cleopatra din cauza statutului ei tot mai mare de regină. Fața ei a apărut pe monedele bătute, de exemplu, în timp ce numele lui Ptolemeu al XIII-lea a fost omis pe documentele oficiale. Ptolemeu intenționa să devină conducător principal, cu Pothinus acționând ca putere în spatele tronului.,Ptolemeu al XIII-lea și Pothinus au reușit să o forțeze pe Cleopatra să fugă în Siria, dar în curând și-a organizat propria armată și a început un război civil în Egipt. Curând, cealaltă soră a început să pretindă tronul ca Arsinoe al IV-lea al Egiptului (r. 48-47 Î.HR.), complicând și mai mult situația.în acest moment, învins Roman general Pompei cel Mare a venit în Egipt caută refugiu de la rivalul său urmărirea Iulius Cezar., Inițial, Ptolemeu al XIII-lea a pretins că i-a acceptat cererea, dar la 29 septembrie 48 î.HR., el l-a ucis pe General de Achillas și Lucius Septimius în speranța de a câștiga favoarea cu Cezar când generalul victorios a sosit.când Cezar a sosit, i s-a prezentat capul rivalului său decedat și al fostului său aliat, dar se pare că, în loc să fie mulțumit, Cezar a reacționat cu dezgust și a ordonat ca trupul lui Pompei să fie localizat și să i se dea o înmormântare romană adecvată. Cleopatra VII sa dovedit a fi mai reușită în câștigarea favorului lui Cezar și a devenit iubitul său., Cezar aranjate executarea Pothinus și revenirea oficială la tronul reginei Cleopatra a VII-a, deși ea nu a avut niciodată în mod oficial a abdicat căsătoria ei cu Ptolemeu al XIII-lea.
Încă hotărât să-l detroneze pe Cleopatra a VII-a, Ptolemeu XIII-a aliat cu Arsinoe a IV-a. În comun, au fost organizate facțiuni de armata loială față de ei împotriva celor loiali Cleopatra a VII-a și relativ mică parte a armatei sale, care i-a însoțit pe Caesar în Egipt., Bătălia dintre facțiunile războinice a avut loc la mijlocul lunii decembrie 48 î.HR. în interiorul Alexandriei (Asediul Alexandriei (47 î. HR.)), care a suferit daune grave. În acest timp, a avut loc arderea Bibliotecii din Alexandria.la sosirea întăririlor romane, Bătălia de pe Nil (47 î.HR.) a urmat și a dus la o victorie pentru Cezar și Cleopatra, forțându-l pe Ptolemeu al XIII-lea să fugă din oraș. Se pare că s-a înecat la 13 ianuarie 47 î.HR. în timp ce încerca să traverseze Nilul. Indiferent dacă încerca să fugă sau căuta negocieri, rămâne incert din sursele vremii., Cleopatra VII a rămas conducătorul necontestat al Egiptului, deși ea a numit fratele lor mai mic Ptolemeu al XIV-lea al Egiptului (r. 47-44 Î.HR.) noul ei co-conducător.
