În ciuda experienței sale limitate, el a fost un susținător puternic al combinării puterii maritime și aeriene, deși s-a opus planului amiralului Isoroku Yamamoto de a ataca stația navală a Marinei Statelor Unite Pearl Harbor. În timp ce comanda prima flotă aeriană, Nagumo a supravegheat atacul de la Pearl Harbor, dar mai târziu a fost criticat pentru eșecul său de a lansa un al treilea atac, care ar fi putut distruge instalațiile de depozitare și reparare a păcurii. Acest lucru ar fi putut face cel mai important S. U. A., baza navală din Pacific inutil, mai ales ca utilizarea bazei de submarine și stația de informații de la instalarea au fost factori critici în înfrângerea Japoniei în Războiul din Pacific.Nagumo a fost înconjurat de locotenenți capabili, cum ar fi Minoru Genda și Mitsuo Fuchida. De asemenea, a luptat bine la începutul campaniilor din 1942, obținând succes ca comandant al flotei la bombardarea lui Darwin și la raidul din Oceanul Indian asupra flotei estice, acesta din urmă scufundând un portavion, două crucișătoare și două distrugătoare și l-a determinat pe amiralul Sir James Somerville să se retragă în Africa de Est.,bătălia de la Midway, în iunie 1942, a adus recordul aproape perfect al lui Nagumo la sfârșit. În timpul bătăliei de la Midway, un Marauder Martin B – 26, după ce a fost grav avariat de focul antiaerian, a zburat direct spre podul portavionului Akagi. Aeronava, fie încercarea de sinucidere ingrasare, sau iese de sub control din cauza avariilor sau un rănit sau ucis pilot, a fost crashing în transportatorului pod, care ar putea fi ucis Nagumo și personalul său de comandă, înainte de a o monedă în mare., Această experiență ar fi putut contribui la determinarea lui Nagumo de a lansa un alt atac asupra Midway, încălcând direct ordinul lui Yamamoto de a menține forța de atac de rezervă armată pentru operațiuni anti-navă. În timpul bombardării Akagi, Nagumo ar fi experimentat lovituri grele în timp ce a fost aruncat despre portavion ca exploziile au explodat în jurul lui. Loviturile pe care le-a întâlnit în timpul bombardamentului, precum și pierderea a doi dintre transportatorii săi nu l-ar fi lăsat în nici o condiție pentru a-și exercita chiar și încrederea rămasă în victorie., În timp ce Nagumo a început să înțeleagă enormitatea a ceea ce sa întâmplat, el pare să fi intrat într-o stare de șoc. Martorii l-au văzut pe Nagumo stând lângă busola navei uitându-se la flăcările de pe nava sa amiral și alți doi transportatori într-o uluire asemănătoare transei. În ciuda faptului că i s-a cerut să abandoneze nava, Nagumo nu s-a mișcat și a fost reticent să părăsească Akagi, doar mormăind: „încă nu este timpul”. Șeful Statului Major al lui Nagumo, contraamiralul Ryūnosuke Kusaka, a reușit să-l convingă să părăsească Akagi-ul grav avariat. Nagumo, cu un semn abia perceptibil, cu lacrimi în ochi, a fost de acord să meargă., Nagumo și personalul său au fost forțați să evacueze prin ferestrele din față ale podului prin frânghie. Expert în judo, Nagumo a aterizat ușor, în timp ce Kusaka a luxat ambele glezne și a fost ars în timpul evacuării. Prima Flota Aeriană a pierdut patru transportatori în punctul de cotitură al Războiului din Pacific, și pierderile masive de purtător de personalul de întreținere a aeronavelor ar putea afecta performanța IJN mai târziu angajamente., Pierderea celor patru portavioane, a aeronavelor lor și a echipajelor lor de întreținere, plus pierderea a 120 de piloți experimentați, a dus la pierderea inițiativei strategice din Pacific. Nagumo contemplat sinucidere, dar în cele din urmă a fost vorbit de a lua propria viață de Kusaka. În urma bătăliei, Nagumo părea să-și fi pierdut agresivitatea și eficacitatea. Nu și-a revenit niciodată din pierderea transportatorilor săi și a plâns când a vorbit despre înfrângerea fiului său în 1944.,
mai Târziu operațiuni navale, campania Guadalcanal & Bătălia de SaipanEdit
Ulterior, Nagumo a fost repartizat în calitate de comandant-șef al Treilea Flotei și a poruncit portavioane în campania Guadalcanal, deși acțiunile sale au fost în mare măsură indecis și încet măcinate mult de Japonia maritimă putere.
ultima imagine a lui Nagumo (centru), Saipan, 1944.la 11 noiembrie 1942, Nagumo a fost transferat în Japonia, unde a primit comanda districtului Naval Sasebo., S-a transferat în districtul Naval Kure la 21 iunie 1943. Din octombrie 1943 până în februarie 1944, Nagumo a fost din nou comandant-șef al primei flote, care până atunci era implicată în mare parte doar în sarcini de instruire.pe măsură ce situația militară a Japoniei s-a deteriorat, Nagumo a fost dislocat la 4 martie 1944 pentru comanda de scurtă durată a flotei a 14-a aeriană și a flotei din zona Pacificului Central din Insulele Mariane.Bătălia de la Saipan a început la 15 iunie 1944. IJN, sub viceamiralul Jisaburō Ozawa, a fost copleșit în câteva zile de sua., A 5-a flotă în bătălia decisivă a Mării Filipinelor, unde Japonia a pierdut trei transportatori de flotă și aproximativ 600 de aeronave. Nagumo și generalul său locotenent Yoshitsugu Saito erau acum pe cont propriu pentru a păstra controlul asupra Saipanului.
