Co-governante do Egito, interior turmoilEdit
Helenístico busto de Ptolomeu XII, pai de Ptolomeu XIII; Louvre, Paris
Romana busto de Cleópatra VII, a irmã-esposa de Ptolomeu XIII, Altes Museum, Antikensammlung Berlim
, Filho de Ptolomeu XII (r. 80-58 BC e 55-51 A.C.), ele sucedeu seu pai, o faraó, na primavera de 51 A.C. como co-governante do Reino de Ptolomeu pelo seu casamento com sua irmã Cleópatra (r. 51-30 BC)., Em outubro de 50 a. C., Ptolomeu XIII foi promovido a governante sênior junto com ela, embora o eunuco Pothinus tenha atuado como regente para ele.na primavera de 48 a. C., Ptolomeu XIII e Potino tentaram depor Cleópatra devido ao seu crescente estatuto de rainha. Seu rosto apareceu em moedas cunhadas, por exemplo, enquanto o nome de Ptolomeu XIII foi omitido em documentos oficiais. Ptolomeu pretendia se tornar o principal governante, com Potino atuando como o poder por trás do trono.,Ptolomeu XIII e Pothino conseguiram forçar Cleópatra a fugir para a Síria, mas ela logo organizou seu próprio exército e uma guerra civil começou no Egito. Logo sua outra irmã começou a reivindicar o trono como Arsínoe IV do Egito (r. 48-47 A. C.), complicando ainda mais a situação.neste ponto, derrotou o general romano Pompeu, o Grande, veio para o Egito em busca de refúgio de seu rival Júlio César., Inicialmente, Ptolomeu XIII fingiu ter aceito o seu pedido, mas, em 29 de setembro de 48 A.C., ele tinha o general assassinado por Achillas e Lucius Septimius na esperança de ganhar o favor de César quando o vitorioso general chegou.quando César chegou, ele foi presenteado com a cabeça de seu falecido rival e ex-aliado, mas supostamente, em vez de ficar satisfeito, César reagiu com nojo e ordenou que o corpo de Pompeu fosse localizado e dado um funeral Romano adequado. Cleópatra VII provou ser mais bem sucedida em ganhar o favor de César e se tornou sua amante., César dispostas a execução de Pothinus oficial e o retorno ao trono de Cleópatra VII, que ela nunca havia oficialmente abdicou de seu casamento com Ptolomeu XIII.
Ainda determinado a depor Cleópatra VII, Ptolomeu XIII aliou-se com Arsinoe IV. Em conjunto, eles organizaram facções do exército leal a eles contra aqueles leais a Cleópatra VII, e a relativamente pequena parte de seu exército que tinha acompanhado César para o Egito., A batalha entre as facções beligerantes ocorreu em meados de dezembro de 48 a. C. dentro de Alexandria (cerco de Alexandria), que sofreu danos graves. Nesta época, a queima da biblioteca de Alexandria ocorreu.após a chegada dos reforços romanos, a batalha do Nilo (47 a. C.) se seguiu e resultou em uma vitória para César e Cleópatra, forçando Ptolomeu XIII a fugir da cidade. Ele teria se afogado em 13 de janeiro de 47 a. C. enquanto tentava atravessar o Nilo. Se ele estava tentando fugir ou procurando negociações permanece incerto a partir de fontes da época., Cleópatra VII permaneceu o governante incontestado do Egito, embora ela tenha nomeado seu irmão mais novo Ptolomeu XIV do Egito (r. 47-44 A. C.) Seu novo co-governante.
