apesar de sua experiência limitada, ele era um forte defensor da combinação de mar e poder aéreo, embora ele se opusesse ao plano do Almirante Isoroku Yamamoto para atacar a Estação Naval de Pearl Harbor. Enquanto comandava a Primeira Frota Aérea, Nagumo supervisionou o ataque a Pearl Harbor, mas mais tarde foi criticado por sua falha em lançar um terceiro ataque, que poderia ter destruído as instalações de armazenamento de combustível e reparo. Isto pode ter tornado os Estados Unidos mais importantes., base naval no Pacífico inútil, especialmente como o uso da base de submarinos e estação de inteligência na instalação foram fatores críticos na derrota do Japão na guerra do Pacífico.Nagumo foi cercado por tenentes capazes como Minoru Genda e Mitsuo Fuchida. Ele também lutou bem no início de 1942 campanhas, obtendo sucesso como comandante da frota no Bombardeio de Darwin e ao Oceano Índico raid no Leste da Frota, o último dos quais afundou um porta-aviões, dois cruzadores, e dois destróieres, e causou o Almirante Sir James Somerville retirar-se para o Leste da África.,a batalha de Midway, em junho de 1942, pôs fim ao quase perfeito recorde de Nagumo. Durante a batalha de Midway, um Marauder Martin B-26, depois de ser seriamente danificado por um incêndio antiaéreo, voou diretamente em direção à ponte do porta-aviões Akagi. A aeronave, ou tentando um ataque suicida, ou fora de controle devido a danos de batalha ou um piloto ferido ou morto, falhou por pouco bater na ponte do porta-aviões, que poderia ter matado Nagumo e seu pessoal de comando, antes que ele cartwheeled no mar., Esta experiência pode muito bem ter contribuído para a determinação de Nagumo para lançar outro ataque em Midway, em violação direta da ordem de Yamamoto para manter a força de ataque de reserva armada para operações anti-navio. Durante o bombardeio do Akagi, Nagumo teria experimentado golpes duros ao ser jogado sobre o porta-aviões enquanto as explosões disparavam em torno dele. O choque que encontrou durante o bombardeio, bem como a perda de dois dos seus porta-aviões, não o teriam deixado em condições de exercer a sua confiança na vitória., Como Nagumo começou a compreender a enormidade do que tinha acontecido, ele parece ter entrado em um estado de choque. Testemunhas viram Nagumo parado perto da bússola do navio olhando para as chamas em seu navio-almirante e dois outros portadores em transe. Apesar de ter sido convidado a abandonar o navio, Nagumo não se moveu e estava relutante em deixar o Akagi, apenas murmurando: “ainda não é hora”. O chefe de Estado-Maior de Nagumo, o Contra-Almirante Ryūnosuke Kusaka, foi capaz de persuadi-lo a deixar o Akagi criticamente danificado. Nagumo, com um aceno mal perceptível, com lágrimas nos olhos, concordou em ir., Nagumo e seu pessoal foram forçados a evacuar através das janelas dianteiras da ponte por corda. Um especialista em judô, Nagumo aterrou levemente, enquanto Kusaka torceu mal os tornozelos e foi queimado durante a evacuação. A primeira frota aérea perdeu quatro porta-aviões durante o ponto de viragem da guerra do Pacífico, e as perdas maciças de pessoal de manutenção de porta-aviões seriam prejudiciais para o desempenho da IJN em compromissos posteriores., A perda dos quatro porta-aviões, suas aeronaves e suas tripulações de manutenção, além da perda de 120 pilotos experientes, resultou na perda da Iniciativa Estratégica do Japão no Pacífico. Nagumo contemplou o suicídio, mas acabou sendo dissuadido de tirar sua própria vida por Kusaka. Após a batalha, Nagumo parecia ter perdido sua agressividade e eficácia. Ele nunca se recuperou da perda de seus portadores, e chorou ao falar sobre a derrota para seu filho em 1944.,posteriormente, Nagumo foi transferido para comandante-em-chefe da terceira frota e comandou porta-aviões na campanha de Guadalcanal, apesar de suas ações terem sido em grande parte indecisas e lentamente frustradas a maior parte da força marítima do Japão.
Last picture of Nagumo (center), Saipan, 1944.
em 11 de novembro de 1942, Nagumo foi transferido para o Japão, onde recebeu o comando do Distrito Naval de Sasebo., Foi transferido para o Distrito Naval de Kure em 21 de junho de 1943. De outubro de 1943 a fevereiro de 1944, Nagumo foi novamente comandante-em-chefe da Primeira Frota, que estava nessa época em grande parte envolvido em apenas tarefas de treinamento.à medida que a situação militar do Japão se deteriorava, Nagumo foi enviado em 4 de Março de 1944 para o comando de curta duração da 14ª Frota Aérea e da frota da área Central do Pacífico nas Ilhas Marianas.a batalha de Saipan começou em 15 de junho de 1944. O IJN, sob o Vice-Almirante Jisaburo Ozawa, foi esmagado em poucos dias pelos Estados Unidos., 5ª frota na decisiva batalha do Mar das Filipinas, onde o Japão perdeu três porta-aviões e cerca de 600 aeronaves. Nagumo e o seu colega do exército, o Tenente-General Yoshitsugu Saito, estavam agora por conta própria para manter o controlo de Saipan.
