Juan Martín de Porres Velázquez nació en la ciudad de Lima, Virreinato del Perú, el 9 de diciembre de 1579. Era el hijo ilegítimo de un noble español, Don Juan de Porres, y Ana Velázquez, una esclava liberada de ascendencia africana y nativa. Tuvo una hermana llamada Juana de Porres, nacida dos años más tarde en 1581. Después del nacimiento de su hermana, el padre abandonó a la familia. Ana Velázquez apoyó a sus hijos lavando la ropa., Creció en la pobreza y, cuando su madre no podía mantenerlo, Martin fue enviado a una escuela primaria durante dos años, y luego colocado con un barbero/cirujano para aprender las artes médicas. Pasaba horas de la noche en oración, una práctica que aumentaba a medida que crecía.
bajo la ley peruana, a los descendientes de africanos y nativos americanos se les prohibió convertirse en miembros plenos de órdenes religiosas., La única ruta abierta a Martín era pedir a los Dominicos del Priorato del Santo Rosario en Lima que lo aceptaran como «donado», un voluntario que realizaba tareas serviles en el monasterio a cambio del privilegio de llevar el hábito y vivir con la comunidad religiosa. A la edad de 15 años pidió admisión en el convento dominico del Rosario en Lima y fue recibido primero como sirviente, y a medida que crecían sus deberes fue ascendido a Limosnero.
Martin continuó practicando sus viejos oficios de barbería y curación y se dijo que había realizado muchas curaciones milagrosas., También se encargó del trabajo de cocina, lavandería y limpieza. Después de ocho años en el Santo Rosario, El prior Juan de Lorenzana decidió hacer la vista gorda a la ley y permitir a Martín tomar sus votos como miembro de la Tercera Orden de Santo Domingo. El Santo Rosario fue el hogar de 300 hombres, no todos los cuales aceptaron la decisión de de Lorenzana: uno de los novicios llamó a Martín «perro mulato», mientras que uno de los sacerdotes se burló de él por ser ilegítimo y descendiente de esclavos.
Cuando Martín tenía 24 años, se le permitió profesar votos religiosos como hermano laico dominico en 1603., He is said to have several times refused this elevation in status, which may have come about due to his father’s intervention, and he never became a priest. Se dice que cuando su convento estaba endeudado, les imploró: «soy solo un pobre mulato, véndeme.»Martín estaba profundamente apegado al Santísimo Sacramento, y estaba rezando frente a él una noche cuando el escalón del altar sobre el que estaba arrodillado se incendió. A lo largo de toda la confusión y el caos que siguió, permaneció donde estaba, sin darse cuenta de lo que estaba sucediendo a su alrededor.,
Cuando Martin tenía 34 años, después de que se le había dado el hábito religioso de un hermano laico, fue asignado a la enfermería, donde fue colocado a cargo y permanecería en servicio hasta su muerte a la edad de 59 años. Era conocido por su cuidado de los enfermos. Sus superiores vieron en él las virtudes necesarias para ejercer una paciencia infalible en este difícil papel., No pasó mucho tiempo antes de que se le atribuyeran milagros. Martin también cuidaba a los enfermos fuera de su convento, a menudo llevándoles la curación con solo un simple vaso de agua. Ministró sin distinción a nobles españoles y a esclavos recién traídos de África. Un día, un anciano mendigo, cubierto de úlceras y casi desnudo, extendió su mano, y Martin lo llevó a su propia cama. Uno de sus hermanos le reprendió. Martin respondió: «la compasión, mi querido hermano, es preferible a la limpieza.,»
cuando una epidemia azotó Lima, había en este único Convento Del Rosario 60 frailes que estaban enfermos, muchos de ellos novicios en una sección distante y cerrada del convento, separados de los profesos. Martin is said to have passed through the locked doors to care for them, a phenomenon which was reported in the residence more than once. Los profesos, también, lo vieron de repente junto a ellos sin que las puertas se hubieran abierto., Martín continuó transportando a los enfermos al convento hasta que el superior provincial, alarmado por el contagio que amenazaba a los Frailes, le prohibió seguir haciéndolo. Su hermana, que vivía en el campo, ofreció su casa para alojar a aquellos que la residencia del religioso no podía mantener. Un día encontró en la calle a un pobre indio, desangrándose por una herida de daga, y lo llevó a su propia habitación hasta que pudo transportarlo al hospicio de su hermana. El prior, cuando se enteró de esto, lo reprendió por desobediencia., Sin embargo, fue muy edificado por su respuesta: «Perdona mi error, y te ruego que me instruyas, porque no sabía que el precepto de la obediencia prevalecía sobre el de la caridad.»El prior le dio libertad a partir de entonces para seguir sus inspiraciones en el ejercicio de la misericordia.
Martin no comía carne. Suplicó limosna para suplir las necesidades que el convento no podía proveer. En tiempos normales, Martin logró con su limosna alimentar a 160 personas pobres cada día, y distribuyó una suma notable de dinero cada semana a los indigentes., Junto a su trabajo diario en la cocina, la lavandería y la enfermería, se dice que la vida de Martin reflejaba dones extraordinarios: éxtasis que lo elevaban al aire, luz que llenaba la habitación donde rezaba, bilocación, conocimiento milagroso, curas instantáneas y una notable relación con los animales. Fundó una residencia para huérfanos y niños abandonados en la ciudad de Lima.