matrimonios
Borgia se casó por primera vez antes de entrar en su adolescencia. Estaba comprometida con un noble y luego con otro antes de que su padre disolviera los compromisos para que pudiera casarse con Giovanni Sforza, 15 años mayor que ella, que era señor de Pesaro y Conde de Catignola. El padre de Borgia, el cardenal Rodrigo Borgia, fue nombrado Papa Alejandro VI en 1492, y Borgia se casó un año más tarde.,
cuatro años más tarde, el matrimonio de Borgia se volvió menos ventajoso políticamente, y el Papa Alejandro VI trató de anularlo bajo el pretexto de que la relación nunca se había consumado. Mientras las negociaciones de anulación estaban en curso entre los Borgia y los Sforza, Borgia descansó en un convento cercano. Ella había consumado claramente una relación con algún individuo, sin embargo, porque cuando la anulación fue concedida oficialmente el 27 de diciembre de 1497, Borgia estaba embarazada de seis meses.,
Los informes de su embarazo fueron inicialmente refutados, pero en marzo de 1498 un hijo, Giovanni, nació en secreto (no sería revelado públicamente hasta tres años más tarde). La paternidad del niño nunca fue establecida, y los chismosos de Roma más tarde se preguntaron si él era el producto del incesto, o si Borgia era realmente su madre. Se emitieron dos decretos papales sobre el Asunto, el primero declarando que Giovanni era el hijo ilegítimo de Cesare y el siguiente declarando que era el hijo ilegítimo del papa Alejandro.,
En julio de 1498, Borgia se casó con Alfonso de Aragón, El Duque de Bisceglie de 17 años e hijo del difunto rey de Nápoles, y tuvieron un hijo juntos. Desafortunadamente para Alfonso, en 1500, el Papa Alejandro y el hermano de Borgia Cesare buscaron una nueva alianza con Francia, y el matrimonio de Borgia con Alfonso fue un obstáculo importante.
El 15 de julio de 1500, Alfonso fue apuñalado varias veces, pero sobrevivió. El 18 de agosto, su suerte se acabó, cuando, como se cree generalmente, los hombres contratados De Cesare para estrangular a Alfonso hasta la muerte mientras yacía recuperándose de sus heridas de puñalada anteriores.,
después de la muerte de Alfonso, el padre de Borgia arregló que se casara con Alfonso d’Este, duque de Ferrara, a principios de 1502. El nuevo marido de Borgia estaba inicialmente indeciso debido a la reputación de Borgia. La pareja pronto se mudó de Roma a Ferrara, escapando de las intrigas interminables de su padre y su hermano, y la pareja tuvo varios hijos (muchos de los cuales murieron jóvenes). Con este matrimonio, Borgia logró elevarse por encima de la reputación de su familia, y prosperó en su nuevo entorno.