John Blackthorne, un pilota inglese, in servizio sulla nave da guerra olandese Erasmus, è il primo inglese a raggiungere il Giappone. L’Inghilterra (e l’Olanda) cercano di interrompere le relazioni portoghese-cattoliche con il Giappone e stabilire legami propri attraverso alleanze commerciali e militari.
Erasmus viene soffiato a terra sulla costa giapponese presso il villaggio di Anjiro durante una tempesta. Blackthorne e 10 sopravvissuti vengono fatti prigionieri dal samurai locale, Kasigi Om, fino a quando il suo daimyō e lo zio, Kasigi Yabu, arrivano., Yabu mette Blackthorne e il suo equipaggio sotto processo come pirati, usando un prete gesuita per interpretare Blackthorne. Perdendo il processo, Blackthorne attacca il gesuita e rompe il suo crocifisso per dimostrare che il prete è il suo nemico. I giapponesi, che conoscono solo la versione cattolica del cristianesimo, sono scioccati e Yabu li condanna tutti a morte.
Tuttavia, Om, che si sta rapidamente dimostrando un abile consigliere, convince Yabu a risparmiarli per saperne di più sulle vie europee., Om getta l’equipaggio in una fossa per “domarli” e dice loro che Yabu ha ordinato che ne scelgano uno (diverso da Blackthorne) per morire, in modo che gli altri possano vivere. Blackthorne conduce il suo equipaggio in una inutile resistenza, ma uno di loro viene preso e viene bollito vivo, per soddisfare Yabu.
Blackthorne accetta quindi di sottomettersi all’autorità giapponese e viene messo in una famiglia, con il suo equipaggio ancora tenuto in ostaggio., Su consiglio di Om, Yabu progetta anche di confiscare i rutters, i moschetti, i cannoni e le monete d’argento recuperate da Erasmo, ma la parola raggiunge Toranaga, Signore del Kwanto e presidente del Consiglio dei Reggenti. Toranaga manda il suo comandante in capo, il generale Toda “Iron Fist” Hiro-matsu, a prendere Erasmus, il suo carico e l’equipaggio per ottenere un vantaggio contro il principale rivale di Toranaga nel consiglio, Ishido.
a Blackthorne viene dato il nome Anjin (navigatore o pilota) perché i giapponesi non possono pronunciare il suo nome., Hiro-matsu porta Blackthorne e Yabu a Osaka, dove si svolge la riunione del consiglio al castello, che è la roccaforte di Ishido. Viaggiano da una delle galee di Toranaga, capitanata dal pilota portoghese Rodrigues. Blackthorne e Rodrigues si ritrovano in un’amicizia rancorosa, nonostante la loro inimicizia nazionale e religiosa. Rodrigues cerca di uccidere Blackthorne durante una tempesta, ma è lui stesso travolto in mare. Blackthorne non solo salva Rodrigues, ma anche naviga in modo sicuro la nave.,
A Osaka, Blackthorne viene intervistato da Toranaga attraverso la traduzione dell’anziano sacerdote gesuita Martin Alvito, che si rende conto della minaccia che Blackthorne presenta. Come protestante, Blackthorne cerca di trasformare Toranaga contro i gesuiti. Rivela a un Toranaga sorpreso che la fede cristiana è divisa. Alvito è onorato di tradurre come Blackthorne racconta Toranaga la sua storia. L’intervista termina bruscamente quando Ishido entra, curioso del barbaro Blackthorne.
Toranaga ha gettato Blackthorne in prigione come uno stratagemma per tenerlo da Ishido., Blackthorne è poi amicizia con un frate francescano, che rivela ulteriori dettagli sulle conquiste dei gesuiti e la nave nera portoghese, che ogni anno prende i grandi profitti dal commercio della seta tra la Cina e il Giappone in Europa. Gli viene insegnato un po ‘di giapponese di base e un po’ della loro cultura. Blackthorne viene poi preso dalla prigione dagli uomini di Ishido, ma Toranaga interviene, catturando Blackthorne dal suo rivale e facendo perdere la faccia a Ishido.
Nella loro prossima intervista, Toranaga fa tradurre la Signora Toda Mariko., È cattolica, divisa tra la sua nuova fede e la sua lealtà, come samurai, a Toranaga. Durante questa seconda intervista con Blackthorne, Toranaga è incredulo quando Blackthorne rivela che al Portogallo è stato concesso il diritto di rivendicare il Giappone come territorio dal Papa, e come gli spagnoli e i portoghesi stiano sfruttando il Nuovo Mondo sia in Sud America che in Asia in nome della diffusione del cattolicesimo.,
Durante il suo soggiorno con Toranaga al Castello di Osaka, Blackthorne viene attaccato da un assassino che si rivela essere un membro della segreta Amida Tong, un gruppo di agenti che si allenano per tutta la vita per essere l’arma perfetta per una uccisione. Dopo che l’assassino è stato inviato, Toranaga convoca Yabu il giorno dopo per essere interrogato, dal momento che Hiro-matsu dice che Yabu sarebbe uno che saprebbe come assumerli. Yabu è evasivo nelle sue risposte, aggiungendo più carburante alla diffidenza di Toranaga nei suoi confronti., Viene anche suggerito che i Gesuiti potrebbero aver ingaggiato l’assassino per uccidere Blackthorne, per impedirgli di rivelare altro di ciò che sa.
I negoziati del Consiglio dei Reggenti vanno male e Toranaga è minacciato di seppuku forzato. Per sfuggire al verdetto e paralizzare il consiglio (dal momento che sono necessari cinque reggenti per qualsiasi decisione, e una nuova nomina sembra politicamente improbabile), Toranaga si dimette. Lascia il castello sotto le spoglie della sua consorte in una cucciolata, lasciando con un treno di viaggiatori., Blackthorne inavvertitamente vede lo scambio e, quando Ishido si presenta al cancello del castello e quasi scopre Toranaga, Blackthorne lo salva creando un diversivo. In questo modo, guadagna gradualmente la fiducia di Toranaga ed entra nel suo servizio. Il gruppo di Toranaga raggiunge la costa ma la loro nave viene bloccata dalle barche di Ishido. Su suggerimento di Blackthorne, una vicina nave portoghese viene chiesto di prestare cannone per far saltare le barche chiaro, ma, in cambio, i Gesuiti offriranno aiuto solo in cambio di Blackthorne. Toranaga accetta e la nave libera la costa., Il pilota portoghese, Rodrigues, ripaga il suo debito con Blackthorne facendolo gettare in mare per tornare a nuoto alla nave di Toranaga. La nave di Toranaga fugge rimanendo al fianco della nave portoghese mentre entrambi attraversano lo spazio lasciato tra le barche avversarie. Toranaga e il suo gruppo tornano alla sua nave, che poi torna ad Anjiro.
Blackthorne costruisce lentamente le sue abilità in lingua giapponese e acquisisce una comprensione dei giapponesi e della loro cultura, alla fine imparando a rispettarla., I giapponesi, a loro volta, sono strappati alla presenza di Blackthorne (poiché è un estraneo e un leader di una marmaglia vergognosamente sporca e rozza), ma anche un formidabile marinaio e navigatore con una vasta conoscenza del mondo. Come tale, egli è sia sotto disprezzo e incalcolabilmente prezioso. Un punto di svolta è il tentativo di seppuku di Blackthorne. I giapponesi impediscono questo tentativo (come Blackthorne vale più vivo), ma arrivano anche a rispettarlo per la sua conoscenza e tentativi di assimilare alla loro cultura., Quando salva anche Toranaga in un terremoto, gli viene concesso lo status di samurai e hatamoto-un vassallo di alto rango simile a un fermo, con il diritto di pubblico diretto. Mentre trascorrono più tempo insieme, Blackthorne arriva ad ammirare profondamente sia Toranaga che (in particolare) Mariko, e diventano segretamente amanti.
Alla fine, visita i sopravvissuti del suo equipaggio originale a Yedo, ed è stupito di quanto si sia avventurato lontano dallo stile di vita “europeo” standard (che ora vede essere sporco, volgare e ignorante), e in realtà è disgustato da loro., I piani di Blackthorne per attaccare la “Nave nera” sono anche complicati dal suo rispetto e dall’amicizia per il suo collega portoghese, Rodrigues, che ora deve pilotare la nave. Ritorna a Osaka via mare con il suo equipaggio e con 200 samurai (concedutigli da Toranaga). Parallelamente a questa trama, il romanzo descrive anche l’intensa lotta di potere tra i vari signori della guerra, Toranaga e Ishido, e anche-come sottotesto – le manovre politiche delle potenze protestanti e cattoliche in Estremo Oriente., C’è anche un conflitto interno tra i daimyō cristiani (che sono motivati in parte dal desiderio di preservare ed espandere la loro (nuova) religione) e i daimyō che si oppongono ai cristiani, come seguaci di credenze straniere e rappresentanti dell’influenza culturale e fiscale ‘barbara’ sulla loro società.
Nel romanzo, Ishido tiene molti membri della famiglia degli altri daimyō come ostaggi a Osaka, riferendosi a loro come “ospiti”. Finché ha questi ostaggi, gli altri daimyō, incluso Toranaga, non osano attaccarlo., Imprevisto da Toranaga, è stato scelto anche un reggente sostitutivo. Ishido spera di attirare o costringere Toranaga nel castello e, quando tutti i reggenti sono presenti, ottenere da loro un ordine per Toranaga di commettere seppuku. Per districare Toranaga da questa situazione, Mariko va a quella che sarà la sua probabile morte al Castello di Osaka-per affrontare Ishido e ottenere il rilascio degli ostaggi.
Al castello, Mariko sfida Ishido e lo costringe a disonorare se stesso (ammettendo di tenere in ostaggio le famiglie dei Samurai) o a fare marcia indietro e lasciarli andare., Quando Mariko cerca di adempiere agli ordini di Toranaga e di lasciare il castello, segue una battaglia tra il samurai di Ishido e la sua scorta, fino a quando non è costretta a tornare. Tuttavia, afferma che è caduta in disgrazia e si suiciderà. Mentre sta per farlo, Ishido le dà i documenti per lasciare il castello il giorno successivo. Ma quella notte, un gruppo di ninja che Ishido ha assunto, aiutato da Yabu, scivola nella sezione di Toranaga del castello per rapire Mariko. Tuttavia, lei e Blackthorne e le altre signore della “corte” di Toranaga, fuggono in una stanza chiusa a chiave., Mentre il ninja si prepara a far saltare la porta aperta Mariko si trova contro la porta e viene ucciso dall’esplosione.
Dopo la sua cremazione, Ishido lascia che gli ostaggi lascino il castello, riducendo seriamente il suo controllo su di loro. Blackthorne scopre poi che la sua nave è stata bruciata, rovinando le sue possibilità di attaccare la Nave Nera e guadagnare ricchezze e anche a casa a vela in Inghilterra. Tuttavia, Mariko gli ha lasciato dei soldi e Toranaga gli fornisce uomini per iniziare a costruire una nuova nave., Toranaga ordina a Yabu-che scopre aver aiutato l’attacco a Osaka con l’obiettivo di essere dalla parte vincente – di commettere seppuku per il suo tradimento. Yabu rispetta, dando la sua preziosa katana a Blackthorne.
L’ultimo capitolo coinvolge Toranaga mentre rivela il suo monologo interiore: che lui stesso aveva ordinato che la nave di Blackthorne fosse bruciata, come un modo per placare i daimyō cristiani, e per salvare la vita di Blackthorne da loro, così come per portarli al suo fianco contro Ishido. Poi incoraggia Blackthorne a costruire un’altra nave., È il karma di Blackthorne non lasciare mai il Giappone; e il karma di Mariko morire per il suo signore, e per Toranaga diventare infine shogun, con potere assoluto. In un breve epilogo dopo la Battaglia finale di Sekigahara, Ishido viene catturato vivo e Toranaga lo fa seppellire fino al collo. Il romanzo afferma che “Ishido indugiò tre giorni e morì molto vecchio”.
