Il governo Messicano e di lingua spagnola Californiani è diventato sempre più sospettoso dei motivi di “Americani” degli Stati Uniti., Nel 1844, John Charles Frémont guidò un gruppo di ingegneri topografici dell’esercito che attraversarono “accidentalmente” le Sierras in California e percorsero la lunghezza della valle di San Joaquin prima di tornare a casa. Nel 1845, un commodoro della Marina degli Stati Uniti, disinformato sulle relazioni tra il suo paese e il Messico, salpò nel porto di Monterey e dichiarò una vittoria in una guerra inesistente. Frémont tornò nel dicembre 1845, apparentemente per esaminare i passaggi attraverso le Sierras utilizzati dai treni degli emigranti americani.,
Così Frémont e i suoi sessanta esploratori armati e soldati erano a portata di mano nella primavera del 1846 quando circolavano voci di una guerra imminente tra Messico e Stati Uniti., Il 10 giugno, gli americani vicino a Sonoma presero le armi e dichiararono una Repubblica indipendente della California con una bandiera fatta in casa che portava una singola stella e l’immagine dipinta di un grizzly, guadagnandosi così la loro rivolta il nome della Rivolta della bandiera dell’Orso. Frémont si unì ai ribelli nella loro breve repubblica, che terminò il 9 luglio, quando gli americani appresero che la loro nazione e il Messico erano ufficialmente in guerra e che una nave da guerra americana si trovava nel porto di Monterey. Frémont e i suoi uomini si arruolarono nelle operazioni militari ufficiali e la Repubblica della California cessò di esistere.,
Ci furono molte battaglie combattute con truppe messicane e allevatori californiani da una parte e soldati americani e coloni dall’altra prima che la guerra messicana in California si concludesse a favore degli americani con la capitolazione di Cahuenga nel gennaio 1847. Prima della fine di quel mese, arrivò un battaglione di mormoni che si erano arruolati nell’esercito in Iowa. A marzo, furono raggiunti da 1.000 membri di un reggimento di New York che arrivarono anche per combattere una guerra che era finita., Tuttavia, poiché i mormoni erano tenuti a unirsi a Brigham Young e alla sua colonia, ora situata nello Utah, e poiché la maggior parte dei newyorkesi si era arruolata con la promessa che avrebbero potuto rimanere in California dopo la guerra, non furono delusi di perdere i combattimenti.
Erano contenti di aspettare il loro tempo a conoscere la parte più recente degli Stati Uniti. Il territorio dell’Alta California era allora la patria di 150.000 popoli indigeni e 14.000 abitanti di discendenza europea e messicana., La maggior parte delle tribù e dei clan nativi sopravvissuti vivevano nel nord montuoso dove i padri della missione non avevano diffuso il cristianesimo e le malattie europee, mentre la maggior parte di questi 14.000 nuovi arrivati vivevano nel sud, raggruppati intorno a Monterey e Los Angeles. C’erano europei nel nord, alcuni che vivevano nella piccola comunità commerciale di Yerba Buena, recentemente ribattezzata San Francisco, e altri raggruppati intorno al forte di Sutter sul Sacramento. Tutti si resero conto che il governo degli Stati Uniti avrebbe portato grandi cambiamenti, ma nessuno avrebbe potuto prevedere quanto velocemente quei cambiamenti sarebbero arrivati.