John Blackthorne, un pilote anglais, servant sur le navire de guerre Néerlandais Erasmus, est le premier Anglais à atteindre le Japon. L’Angleterre (et la Hollande) cherchent à perturber les relations portugo-catholiques avec le Japon et à établir leurs propres liens par le biais d’alliances commerciales et militaires.
Erasmus est soufflé à terre sur la côte japonaise au village D’Anjiro lors d’une tempête. Blackthorne et 10 survivants sont faits prisonniers par le samouraï Local, Kasigi Omi, jusqu’à ce que son daimyō et oncle, Kasigi Yabu, arrive., Yabu met Blackthorne et son équipage en procès en tant que pirates, en utilisant un prêtre jésuite pour interpréter Blackthorne. Perdant le procès, Blackthorne attaque le jésuite et brise son crucifix pour montrer que le prêtre est son ennemi. Les Japonais, qui ne connaissent que la version catholique du christianisme, sont choqués et Yabu les condamne tous à mort.
cependant, Omi, qui se révèle rapidement un conseiller intelligent, convainc Yabu de les épargner pour en savoir plus sur les voies européennes., Omi jette l’équipage dans une fosse pour les « apprivoiser » et leur dit que Yabu a ordonné qu’ils en choisissent un parmi eux (autre que Blackthorne) pour mourir, afin que les autres puissent vivre. Blackthorne mène son équipage dans une résistance futile, mais l’un d’eux est pris et est bouilli vivant, pour satisfaire Yabu.
Blackthorne accepte alors de se soumettre à L’autorité japonaise et est placé dans une maison, avec son équipage toujours retenu en otage., Sur les conseils D’Omi, Yabu prévoit également de confisquer les rutters, les mousquets, les canons et les pièces d’argent récupérés auprès D’Erasmus, mais la nouvelle parvient à Toranaga, Seigneur du Kwanto et président du Conseil des Régents. Toranaga envoie son commandant en chef, le général Toda « Iron Fist » Hiro-matsu, prendre Erasmus, sa cargaison et son équipage pour obtenir un avantage contre le principal rival de Toranaga au Conseil, Ishido.
Blackthorne reçoit le nom D’Anjin (navigateur ou pilote) parce que les Japonais ne peuvent pas prononcer son nom., Hiro-matsu ramène Blackthorne et Yabu à Osaka, où la réunion du Conseil a lieu au château, qui est le bastion D’Ishido. Ils voyagent par L’une des galères de Toranaga, commandée par le pilote Portugais Rodrigues. Blackthorne et Rodrigues se retrouvent dans une amitié à contrecœur, malgré leur inimitié nationale et religieuse. Rodrigues tente de tuer Blackthorne pendant une tempête, mais est lui-même balayé par-dessus bord. Blackthorne sauve non seulement Rodrigues, mais navigue également en toute sécurité sur le navire.,
à Osaka, Blackthorne est interviewé par Toranaga grâce à la traduction du prêtre jésuite principal Martin Alvito, qui se rend compte de la menace que Blackthorne présente. En tant que Protestant, Blackthorne essaie de tourner Toranaga contre les Jésuites. Il révèle à un Toranaga surpris que la foi chrétienne est divisée. Alvito est honoré de traduire comme Blackthorne raconte son histoire à Toranaga. L’interview se termine brusquement quand Ishido entre, curieux de connaître le barbare Blackthorne.
Toranaga a Blackthorne jeté en prison comme une ruse pour l’empêcher D’Ishido., Blackthorne est alors lié d’amitié avec un frère franciscain, qui révèle plus de détails sur les conquêtes Jésuites et le navire noir portugais, qui chaque année ramène en Europe les vastes bénéfices du Commerce de la soie entre la Chine et le Japon. On lui enseigne un peu de Japonais de base et un peu de leur culture. Blackthorne est ensuite pris de prison par les hommes D’Ishido, mais Toranaga intervient, capturant Blackthorne de son rival et faisant perdre la face à Ishido.
dans leur prochaine interview, Toranaga fait traduire la Dame Toda Mariko., Elle est catholique, tiraillée entre sa nouvelle foi et sa fidélité, en tant que samouraï, à Toranaga. Au cours de cette deuxième interview avec Blackthorne, Toranaga est incrédule lorsque Blackthorne révèle que le Portugal a obtenu le droit de revendiquer le Japon comme territoire par le Pape, et comment les Espagnols et les Portugais exploitent le nouveau monde en Amérique du Sud et en Asie au nom de la propagation du catholicisme.,
pendant son séjour avec Toranaga au Château D’Osaka, Blackthorne est attaqué par un assassin qui se révèle être un membre de la secrète Amida Tong, un groupe d’agents qui s’entraînent toute leur vie pour être l’arme parfaite pour tuer. Après l’envoi de L’assassin, Toranaga convoque Yabu le lendemain pour l’interroger, car Hiro-matsu dit que Yabu serait celui qui saurait les embaucher. Yabu est évasif dans ses réponses, ajoutant plus de carburant à la méfiance de Toranaga à son égard., Il est également laissé entendre que les Jésuites ont peut-être engagé L’assassin pour tuer Blackthorne, pour l’empêcher de révéler plus de ce qu’il sait.
Les négociations du Conseil des Régents se passent mal et Toranaga est menacé de seppuku forcé. Pour échapper au verdict, et pour paralyser le Conseil (puisque cinq régents sont nécessaires pour toute décision, et une nouvelle nomination semble politiquement improbable), Toranaga démissionne. Il quitte le château sous les traits de son épouse dans une litière, partant avec un train de voyageurs., Blackthorne repère par inadvertance L’échange et, quand Ishido se présente à la porte du château et découvre presque Toranaga, Blackthorne le sauve en créant une diversion. De cette façon, il gagne progressivement la confiance de Toranaga et entre à son service. Le groupe de Toranaga atteint la côte mais leur navire est bloqué par les bateaux D’Ishido. À la suggestion de Blackthorne, un navire portugais à proximité est invité à prêter du canon pour faire sauter les bateaux mais, en retour, les Jésuites n’offriront de l’aide qu’en échange de Blackthorne. Toranaga accepte et le navire efface la côte., Le pilote portugais, Rodrigues, rembourse sa dette envers Blackthorne en le faisant jeter par-dessus bord pour regagner le navire de Toranaga à la nage. Le navire de Toranaga s’échappe en restant à côté du navire portugais alors que les deux traversent l’espace laissé entre les bateaux adverses. Toranaga et son groupe retournent à son navire, qui retourne ensuite à Anjiro.
Blackthorne développe lentement ses compétences en japonais et acquiert une compréhension des japonais et de leur culture, apprenant finalement à la respecter., Les Japonais, à leur tour, sont déchirés par la présence de Blackthorne (car il est un étranger et le chef d’une bande honteusement sale et grossière), mais aussi un formidable marin et navigateur avec une connaissance approfondie du monde. En tant que tel, il est à la fois sous le mépris et d’une valeur incalculable. Un tournant est la tentative de seppuku de Blackthorne. Les Japonais empêchent cette tentative (car Blackthorne vaut plus vivant), mais ils en viennent aussi à le respecter pour ses connaissances et ses tentatives d’assimilation à leur culture., Quand il sauve également Toranaga dans un tremblement de terre, il reçoit le statut de samouraï et hatamoto – un vassal de haut statut similaire à un titulaire, avec le droit d’audience directe. Comme ils passent plus de temps ensemble, Blackthorne vient à admirer profondément à la fois Toranaga et (spécifiquement) Mariko, et ils deviennent secrètement amants.
finalement, il rend visite aux survivants de son équipage d’origine à Yedo, et est étonné de voir à quel point il s’est aventuré loin du mode de vie standard « européen » (qu’il considère maintenant comme sale, vulgaire et ignorant), et il est en fait dégoûté par eux., Les plans de Blackthorne d’attaquer le « navire noir » sont également compliqués par son respect et son amitié pour son collègue Portugais, Rodrigues, qui doit maintenant piloter le navire. Il retourne à Osaka par la mer avec son équipage et avec 200 samouraïs (qui lui ont été accordés par Toranaga). Parallèlement à cette intrigue, le roman détaille également la lutte de pouvoir intense entre les différents seigneurs de guerre, Toranaga et Ishido, et aussi – en sous – texte-les manœuvres politiques des pouvoirs Protestant et catholique en Extrême-Orient., Il y a aussi un conflit interne entre les daimyōs chrétiens (qui sont motivés en partie par le désir de préserver et d’étendre leur (nouvelle) religion) et les daimyōs qui s’opposent aux chrétiens, en tant qu’adeptes de croyances étrangères et représentants de l’influence culturelle et fiscale « barbare » sur leur société.
dans le roman, Ishido tient en otages de nombreux membres de la famille des autres daimyōs à Osaka, les qualifiant d ‘ « invités ». Tant qu’il a de ces otages, les autres daimyōs, y compris Toranaga, n’osent pas l’attaquer., Imprévu par Toranaga, un régent de remplacement a également été choisi. Ishido espère attirer ou forcer Toranaga dans le château et, lorsque tous les régents sont présents, obtenir d’eux un ordre pour Toranaga de commettre seppuku. Pour sortir Toranaga de cette situation, Mariko se rend à ce qui sera sa mort probable au Château D’Osaka – pour affronter Ishido et obtenir la libération des otages.
Au Château, Mariko défie Ishido et le force à se déshonorer (en admettant avoir retenu les familles des Samouraïs comme otages) ou à reculer et à les laisser partir., Lorsque Mariko tente d’exécuter les ordres de Toranaga et de quitter le château, une bataille s’ensuit entre le samouraï D’Ishido et son escorte, jusqu’à ce qu’elle soit forcée de revenir. Cependant, elle déclare qu’elle est déshonorée et se suicidera. Comme elle est sur le point de le faire, Ishido lui donne les papiers pour quitter le château le lendemain. Mais cette nuit-là, un groupe de ninja Qu’Ishido a engagé, aidé par Yabu, se glisse dans la section du château de Toranaga pour kidnapper Mariko. Cependant, elle et Blackthorne et les autres Dames De La « Cour » de Toranaga, s’échappent dans une pièce verrouillée., Alors que le ninja se prépare à faire sauter la porte, Mariko se tient contre la porte et est tuée par l’explosion.
Après sa crémation, Ishido laisse les otages quitter le château, réduisant sérieusement son contrôle sur eux. Blackthorne découvre alors que son navire a été brûlé, ruinant ses chances d’attaquer le navire Noir et de gagner des richesses et de rentrer en Angleterre. Cependant, Mariko lui a laissé de l’argent et Toranaga lui fournit des hommes pour commencer à construire un nouveau navire., Toranaga ordonne à yabu – dont il apprend qu’il a aidé L’attaque à Osaka dans le but d’être du côté gagnant – de commettre seppuku pour sa trahison. Yabu se conforme, donnant son katana précieux à Blackthorne.
Le Dernier Chapitre implique Toranaga comme il révèle son monologue intérieur: qu’il avait lui-même ordonné le navire de Blackthorne à brûler, comme un moyen d’apaiser les daimyōs chrétiens, et de sauver la vie de Blackthorne de leur, ainsi que de les amener à ses côtés contre Ishido. Il encourage ensuite Blackthorne à construire un autre navire., C’est le karma de Blackthorne de ne jamais quitter le Japon; et le karma de Mariko de mourir pour son Seigneur, et pour Toranaga de devenir finalement shogun, avec un pouvoir absolu. Dans un bref épilogue après la bataille finale de Sekigahara, Ishido est capturé vivant et Toranaga l’a enterré jusqu’au cou. Le roman indique que « Ishido s’est attardé trois jours et est mort très vieux ».
