Le Gouvernement mexicain et les Californiens hispanophones se méfiaient de plus en plus des motivations des « Américains » des États-Unis., En 1844, John Charles Frémont dirigea un groupe d’ingénieurs topographiques de l’armée qui traversèrent « accidentellement » les Sierras en Californie et parcoururent la vallée de San Joaquin avant de rentrer chez eux. En 1845, un commodore de la marine américaine, mal informé des relations entre son pays et le Mexique, s’embarqua dans le port de Monterey et déclara une victoire dans une guerre inexistante. Frémont revint en décembre 1845, ostensiblement pour arpenter les passages à travers les Sierras utilisés par les trains d’émigrants américains.,
ainsi Frémont et ses soixante éclaireurs et soldats armés étaient à portée de main au printemps 1846 lorsque des rumeurs circulaient d’une guerre imminente entre le Mexique et les États-Unis., Le 10 juin, les Américains près de Sonoma ont pris les armes et ont déclaré une République californienne indépendante avec un drapeau fait maison portant une seule étoile et l’image peinte d’un grizzli, gagnant ainsi leur soulèvement le nom de révolte du drapeau de L’Ours. Frémont rejoignit les rebelles dans leur éphémère république, qui prit fin le 9 juillet, lorsque les Américains apprirent que leur nation et le Mexique étaient officiellement en guerre et qu’un cuirassé américain se trouvait dans le port de Monterey. Frémont et ses hommes s’enrôlèrent dans les opérations militaires officielles et la République de Californie cessa d’exister.,
Il y eut de nombreuses batailles acharnées avec les troupes mexicaines et les éleveurs Californiens d’un côté et les soldats et colons américains de l’autre avant que la guerre mexicaine en Californie ne se termine en faveur des Américains avec la Capitulation de Cahuenga en janvier 1847. Avant la fin du mois, un bataillon de Mormons qui s’étaient enrôlés dans l’armée en Iowa est arrivé. En Mars, ils ont été rejoints par 1 000 membres d’un régiment de New York qui sont également arrivés pour mener une guerre qui était terminée., Cependant, comme les Mormons étaient tenus de rejoindre Brigham Young et sa colonie, Maintenant située dans L’Utah, et que la plupart des New-Yorkais s’étaient enrôlés avec la promesse de rester en Californie après la guerre, ils n’étaient pas déçus de manquer les combats.
ils se sont contentés d’attendre leur temps pour se familiariser avec la nouvelle partie des États-Unis. Le territoire de L’Alta California abritait alors 150 000 peuples autochtones et 14 000 habitants D’origine européenne et mexicaine., La plupart des tribus et clans autochtones survivants vivaient dans le nord montagneux où les pères missionnaires n’avaient pas propagé le christianisme et les maladies européennes, tandis que la plupart de ces 14 000 nouveaux arrivants vivaient dans le sud, regroupés autour de Monterey et de Los Angeles. Il y avait des Européens dans le nord, certains vivant dans la petite communauté commerciale de Yerba Buena, récemment rebaptisée San Francisco, et d’autres regroupés autour du Fort De Sutter sur le Sacramento. Tous ont compris que le gouvernement des États-Unis apporterait de grands changements, mais aucun n’aurait pu prévoir à quelle vitesse ces changements viendraient.